Si potrebbero considerare le posizioni di arrivo e ripartire da zero, facendo poi una media fra la posizione nella fase a gironi e quella nella fase eliminatoria. Quindi se uno è arrivato quinto nella fase a gironi e decimo nella fase eliminatoria avrà un punteggio di 7.5, dato dalla media della quinta e della decima posizione. Ovviamente chi avrà il punteggio più basso vincerà. Per la modalità di punti direi di tenere quella utilizzata finora, magari pronosticando prima dell'andata anche chi passerà il turno, aggiungendo punti bonus anche in base a quello.
io pensavo anche a una cosa più cruenta, praticamente ricalcando la CL.

I primi 16 accedono agli ottavi e si affrontano a eliminazione diretta per l'accesso ai quarti. Le sfide vengono decise ispirandosi ai play off della serie B.
Interessante l'idea di punti bonus per indicare in anticipo il passaggio del turno
A me le idee piacciono tutte e due
Da una parte la tensione dell'eliminazione diretta, dall'altra la possibilità per tutti di tornare a pronosticare fino alla finale.
l'idea di @de_sica ha un punto debole: più vai avanti meno partite da pronosticare...
uno scontro diretto 1 vs 1, ad esempio me vs de sica, sarebbe più significativo agli ottavi con 16 partite (8 andata e 8 ritorno + bonus eventuale su chi passa il turno come suggerito da @
Smarx10) su cui confrontarsi piuttosto che in finale dove c'è una sola partita...
invece io farei una proposta che è un po' l'insieme delle vostre due
eliminazioni sì, ma senza rinunciare del tutto al bonus gironi
e un sistema eliminazioni tipo Qualifiche di F1
dopo gli ottavi di andata si passa da 16 a 12 concorrenti (eliminati gli ultimi 4, classifica azzerata ma in caso di parità punti è avanti chi era piazzato meglio nei gironi)
dopo gli ottavi di ritorno si passa da 12 a 8 (eliminati gli ultimi 4, classifica azzerata ma in caso di parità punti è avanti chi era piazzato meglio dopo gli ottavi andata)
ai quarti di finale aggiungerei anche l'Europa League, così si scommette sempre su 8 partite di andata e 8 di ritorno
dopo i quarti di andata si passa da 8 a 6 (eliminati gli ultimi 2, classifica azzerata ma in caso di parità punti è avanti chi era piazzato meglio dopo gli ottavi ritorno)
dopo i quarti di ritorno si passa da 6 a 4 (eliminati gli ultimi 2, classifica azzerata ma in caso di parità punti è avanti chi era piazzato meglio dopo i quarti andata)
FASE FINALE TOP 4:
i 4 sopravvissuti azzerano di nuovo la classifica e scommettono sulle 2+2 semifinali di champions e sulle 2+2 semifinali di Europa League...e sulle due finali e in caso di parità di punti vince chi ha fatto più punti da inizio a fine anno.
non so se mi sono spiegato bene però...